In de Thomastsjerke bevindt zich een preekstoel uit de zeventiende eeuw. Deze preekstoel is, zoals in meer kerken in Friesland het geval is, gesneden met gecanneleerde Ionische zuilen op de hoeken en met een boogvormige omlijsting rond de panelen.

In de jaren 1977 en 1978 is de kerk gerestaureerd door de stichting Alde Fryske Tsjerken. Voor de restauratie stond de preekstoel tegen de oostzijde van  de koormuur. Tijdens de restauratie werd de preekstoel verplaatst naar de oorspronkelijke plaats aan de zuidzijde. Hierdoor kreeg de preekstoel een minder overheersende plek in het kerkgebouwen en kwam het koor vrij. Het gebouw is nu multi inzetbaar voor verschillende activiteiten, zoals het houden van concerten. De preekstoel dateert van omstreeks 1650 en is gemaakt van eikenhout.
De vloer in de kerk is belegd met plavuizen (estriken). Vlak voor de kansel ligt een grafsteen. Deze grafsteen, met een nauwelijks leesbaar laatgotisch opschrift, lag ooit in twee delen aan de buitenzijde van de kerk.

Naast de zeventiende-eeuwse preekstoel bezit de kerk een gesmeed ijzeren doopvontstander en een gesmeed ijzeren doophek. Deze doopvontstander is afkomstig van het doophek in de kerk van Mildam en heeft een nieuwe poot in oude vorm gekregen.

Aan de koormuur hangt een psalmbord uit de achttiende eeuw.

Bij de restauratie zijn de kerkbanken vervangen door stoelen.

Van oudsher bevond zich in de kerk geen orgel. Dit ervoer men toch wel als een gemis. In 1982 is er op de galerij een klein, maar fraai orgel geplaatst. Het orgel werd gebouwd door de Groninger orgelbouwer Mense de Ruiter. Onder de orgelgalerij staan herenbanken.

Bron: boek Katlijk door de eeuwen heen. Uitgave Plaatselijk belang Katlijk